患手足口病後，可以服用抗病毒西藥，清熱解毒中藥治療，並根據癥狀，合理應用解熱鎮痛葯、降顱壓葯等，促使病情儘快好轉。
1.抗病毒西藥
目前並無治療手足口病的特效藥，但因手足口病大多是腸道病毒引起的，患病後可用磷酸奧司他韋顆粒、利巴韋林顆粒等西藥對抗病毒，促使皰疹等儘快消退。
2.清熱解毒中藥
患手足口病後，還可應用清熱解毒的中藥治療，如999抗病毒口服液、連花清瘟膠囊、藍芩口服液、蒲地藍消炎口服液、抗病毒口服液等，也能儘快殺死體內感染的病毒，促使病情好轉。
3.解熱鎮痛葯
部分患兒有38.5度以上的高燒，並有頭痛、腹痛等癥狀，可應用布洛芬混懸滴劑、對乙醯氨基酚緩釋片、小兒清解顆粒等藥物退燒、解痙止痛，減輕不適感。
4.降顱壓葯
出現手足口病時可能因顱壓升高導致頭痛、精神狀態差等，可服用氫氯噻嗪片、乙醯唑胺片、復方呋塞米片等藥物利尿脫水、降顱壓。具體用藥需嚴格遵醫囑，不可擅自用藥。