由於個體差異大，去除絲狀疣並不存在最佳、最有效的方法。可通過外用藥物、冷凍療法、激光治療等方式去除絲狀疣。
1.外用藥物
可使用5-氟尿嘧啶軟膏，但可能會遺留色素沉著和局部刺激，盡量不要在面部使用。也可3%酞丁胺霜或3%酞丁安二甲亞碸溶液外用塗抹治療。
2.冷凍療法
冷凍療法是常用的治療方法，醫生使用棉簽蘸取液氮或使用液氮冷凍器的冷頭抵壓疣損害，並根據損害情況決定冷凍時間和所施壓力。絲狀疣易複發，一般需要進行多次才可徹底去除。
3.激光治療
通過激光灼傷疣體，使組織壞死，從而疣體脫落，但應注意可能產生疼痛和疤痕。