治療灰指甲最好的藥物有抗真菌類的外用藥和伊曲康唑、特比萘芬片等口服藥兩類，灰指甲具有傳染性，一旦患有灰指甲，一定要儘快用藥治療。
1、外用藥
灰指甲也是指甲真菌病，如果灰指甲癥狀比較輕，可以用小刀颳去病變的甲屑，再用冰醋酸溶液浸泡，或者是40%的尿素封包一個星期，等甲板變軟后刮除病甲，局部外用抗真菌類的藥物，常用的藥物有特比萘芬酊、阿莫羅芬甲搽劑、環吡酮胺酮甲塗劑等。此外，將適量的酸醋與鴉膽子、百部等中藥一起搗碎外敷在灰指甲部位，也可起到一定的抗菌作用，不過相對西藥，中藥治療效果比較緩慢。
2、口服藥
對於毀損比較嚴重的灰指甲，或者有多個指甲都被真菌破壞，口服藥會更有效一些。如伊曲康唑、特比萘芬片、氟康唑等，這些藥物處方葯，需要到正規醫院找相應科室醫生開具。
一旦患上灰指甲，指甲就會發白變空，甚至還會出現潰爛以及傳染等情況，一定要儘快用藥治療。